世界の危機を回避するため、アメリカ海軍のエリート中のエリートパイロットを養成する訓練校トップガンの卒業生たちが招集される。ところが、凄腕揃いのエースパイロットたちでも遂行が困難な任務に直面。そこで、伝説のパイロット、マーヴェリックが彼らを指導することに。組織に縛られず、現役を続けてきたマーヴェリックは、若きトップガンたちを率いてミッションに挑むが、その中に亡き相棒グースの息子ルースターがいた…。