イスラ・ヌブラル島に築かれた恐竜たちのテーマパーク“ジュラシック・ワールド”での大惨事から３年。パークは完全に放棄され、島では恐竜たちが大自然の中で自由に生きていた。そんな中、島の火山が噴火寸前であることが発覚。恐竜たちを島から連れ出すか、あるいはそのまま放置するか意見が分かれる中、パークの元運用管理者クレアは恐竜の救出を決意。ロックウッド財団の支援を取り付け、元飼育員オーウェンと共に島へ向かう。