歴史学者にして冒険家のベン・ゲイツ一族に「リンカーン大統領暗殺者の真犯人」としての汚名がきせられた。真相を追うゲイツは、自由の女神、バッキンガム宮殿、ホワイトハウスといった歴史的な建造物に秘められた暗号を次々と解読。彼は歴代大統領に受け継がれる秘密文書に辿り着き、アメリカ新大陸の《黄金伝説》への手掛かりが記されていることを知る。莫大な秘宝を、見えざる敵から守るため、ゲイツは《黄金都市》の謎に挑む。