主演・松坂桃李、役所広司ら豪華キャストで贈る新たな時代劇の傑作！江戸時代末期。死に至る病として恐れられていた疱瘡（天然痘）が猛威を振るい、多くの人命を奪っていた。どうにかして人々を救う方法を見つけようとする福井藩の町医者・笠原良策は京都の蘭方医・日野鼎哉の教えを請うことに。鼎哉の塾で疱瘡の治療法を探し求めていたある日、異国では種痘（予防接種）という方法があると知るが、そのためには「種痘の苗」の海外からの取り寄せや、幕府の許可も必要。絶対に諦めない良策は、藩、そして幕府をも巻き込んでいく――。