マイアミ市警きっての型破りな刑事コンビ“バッドボーイズ”のマイクとマーカスも今やベテラン。初孫が誕生したマーカスは家族のために刑事引退を考えていた。そんなある日、マイクが何者かに銃で撃たれるという事件が起きる。一命を取り留めたマイクは、若手中心のハイテク捜査班AMMOに加わり犯人を追う。一方、引退を決意したマーカスは捜査から離れるが、追い詰められたマイクのために一時的に引退を撤回しコンビを組む。