イスタンブールで起きた病院爆破テロで夫と娘を亡くしたCIA情報分析官アビーは、事件の首謀者を暴くため、ヨルダンの砂漠地帯にあるテロ容疑者の秘密拘禁施設“ブラック・サイト”へ自らの意思で赴任する。それから約10ヵ月後、テロの首謀者ハチェットが施設に連行される。待ち望んでいた尋問の機会を得たアビーだったが、ハチェットが逃げ出し、その恐るべき戦闘能力によって仲間たちが次々と犠牲になってしまう。